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OPSIN - Open Parser for Systematic IUPAC Nomenclature (OPSIN) OPSIN takes an IUPAC chemical name and outputs a structure either as as CML (Chemical Markup Language), SMILES, or InChI. OPSIN's primary focus is organic chemical nomenclature,本来Opsin是OSCAR中的一个小模块。
下载地址: http://bitbucket.org/dan2097/opsin/
下面我们直接看代码吧,很简单!

package com.founder.opsin;

import nu.xom.Element;
import uk.ac.cam.ch.wwmm.opsin.NameToInchi;
import uk.ac.cam.ch.wwmm.opsin.NameToStructure;
import uk.ac.cam.ch.wwmm.opsin.NameToStructureConfig;
import uk.ac.cam.ch.wwmm.opsin.NameToStructureException;
import uk.ac.cam.ch.wwmm.opsin.OpsinResult;

public class OpsinTest {

 /**
  * @param args
  * @author Zhou Rui
  * @throws NameToStructureException
  */
 public static void main(String[] args) throws NameToStructureException {
  NameToStructure n2s = NameToStructure.getInstance();
  
  NameToStructureConfig n2sconfig = new NameToStructureConfig();
  
  OpsinResult result = n2s.parseChemicalName("acetonitrile", n2sconfig);
  
  System.out.println(result.getStatus());
  
  String smiles = result.getSmiles();
  String inchi = NameToInchi.convertResultToInChI(result);
  System.out.println(smiles);
  System.out.println(inchi);
 }

}

输出结果如下:
SUCCESS
C(C)#N
InChI=1/C2H3N/c1-2-3/h1H3

posted on 2011-04-19 21:52 周锐 阅读(518) 评论(0)  编辑  收藏 所属分类: ChemistryJava

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