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原文地址:http://www.chemj.cn/viewthread.php?action=printable&tid=20684


MolEdit:http://159.149.163.21/moledit.htm
简介:在线绘制2D结构,自动转化为三维坐标文件,支持格式很多。

√ E-Babel:http://www.vcclab.org/lab/babel
简介:相当于在线版的Babel,可以支持几十种结构文件格式的转换。注意不要打开浏览器弹出窗口过滤功能。

√ Opal Dashboard:http://ws.nbcr.net/opal2/GetServicesList.do
简介:一大批软件的在线计算工具,包括MEME(搜索一组DNA/蛋白序列中的基序),APBS(解PB方程得到静电势分布、溶解自由 能),PDB2PQR(往pdb格式中添加原子半径信息,转为apbs等软件所需的pqr文件),Prepare receptor/GPF(创建pdbqt、GPF文件),Autogrid(计算autodock所需的格点文件),Autodock(分子对 接),FIMO,GLAM2,GLAM,GOMO。

在线版PDB2PQR:http://nbcr.sdsc.edu/pdb2pqr

Prodrg 2.5:http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/cgi-bin/prodrg_beta
简介:输入结构或者在线绘制结构,生成gromacs等软件的拓扑文件,以及加过氢的pdb、gro、mol结构文件。支持gromos87/96力场,支持结构优化。

Karlsberg+:http://agknapp.chemie.fu-berlin.de/karlsberg/index.php
简介:基于线性PB方程在线计算蛋白质Pka

PROPKA:http://propka.ki.ku.dk
简介:输入PDB ID或者上传pdb文件,计算PKa。输出结果包括每个残基的Pka,不同PH下的蛋白去折叠化能、最稳定时的PH值,折叠与去折叠时在不同PH下所带电 荷、等电点PH、缓冲能力。虽然独立状态的氨基酸的PKa是已知的,但在蛋白中由于受到周围其它氨基酸的影响PKa会发生改变,故此程序有助于正确判断在 不同PH环境下模拟蛋白质时氨基酸所应处的质子化态。

H++:http://biophysics.cs.vt.edu/H++
简介:通过隐式溶剂(GB/PB)和分子力学模型计算Pk,并根据指定PH自动将结构质子化

ProBuilder:http://159.149.163.21/probuilder.htm
简介:输入蛋白质序列和预期的二级结构生成蛋白结构文件

PDBsum:http://www.ebi.ac.uk/pdbsum
简介:输入PDB ID或者序列,显示蛋白质信息、基本结构特征、结构出处的文献摘要,可调用PROCHECK分析结构,可在线观看3D结构。

√ PLATINUM:http://model.nmr.ru/platinum
简介:此程序基于分子疏水势的概念。上传受体/配体结构文件后计算,会显示分子总面积、极性面积、非极性面积的大小。得到的疏水势格点文件可保存也可以在 线自动调用Jmol观看,以不同颜色描述分子的疏水/亲水性质,可以直观了解受、配体不同方式的的结合能力。对于脂体系可以显示2D疏水图。

√√ MarvinSketch:http://www.chemaxon.com/marvin/sketch/index.jsp
简介:一款功能强大的绘制分子结构、反应式并计算相关性质的软件的在线版,需要java运行环境,载入较慢。可自行绘制也可以直接通过名字生成结构 (edit-import name),可以直接从模版库/基团库中插入结构(insert-template library/group),可以保存结构文件到本地。可以显示周期表(view-periodic table),获得smile字符串(选中分子,edit-save as smile,然后随便找个文本框paste),显示3D结构(view-Open MarvinView3D/Space),给出结构的名字(tools-Naming),得到分子式、分子量、元素组成(tools-Elemental analysis),绘制滴定曲线、计算PKa、等电点、获得指定PH环境下的被质子化/去质子化后的结构(tools-Protonation),计算 LogP、LogD(tools-partitioning),计算原子电荷、极化率、轨道电负性(tools-charge),获得互变异构体、立体异 构体(tools-isomers),计算各个异构体的能量、做简单分子动力学(tools-conformation),结构拓扑分析、优化并计算能 量、计算SASA(tools-geometry),显示氢键供体/受体原子数目、Huckel分析、计算折射率、显示共振结构、获得结构框架 (tools-other)。在程序下方文本框中可以使用Chemical term语言编写表达式来通过性质筛选分子、计算属性。亦可免费下载此软件的单机版。

MarvinSpace:http://www.chemaxon.com/marvinspace/applet.html
简介:在线的基于java的分子可视化程序,使用Opengl库,支持pdb、mol和cub格点文件。可用NewCartoon等方式显示蛋白质骨架结构,可以用几种方式显示分子表面,并在上面用颜色显示包括静电势在内的几种信息。缺点是程序载入很慢。

REDS(RESP ESP charge Derive Server):http://q4md-forcefieldtools.org/REDS
简介:在线计算RESP电荷,注册十分麻烦。

计算RRKM反应速率:http://phd.marginean.net/rrkm.html

DynDom:http://fizz.cmp.uea.ac.uk/dyndom/runDescription.jsp
简介:输如蛋白质分子的两个构象,可分析出构象变化所绕着的旋转轴,以及导致结构变化的关键残基。结果可以用rasmol程序显示。

StrucTools:http://helixweb.nih.gov/structbio/basic.html
简介:可以绘制蛋白质二级序列图,计算主链氢键,绘制B因子-残基图,计算残基所占体积并绘图,计算残基SASA,做Ramachandran图,做蛋白质旋转的gif/mpeg动画。

TarFisDock(Target Fishing Dock):http://www.dddc.ac.cn/tarfisdock
简介:反向对接程序,提供小分子结构,寻找受体蛋白。国内可能需要国外代理才能访问,速度比较慢。

VRML File Creator:http://cactus.nci.nih.gov/vrmlcreator
简介:通过smile字符串或者结构文件,创建VRML(.wrl)文件。比如可以导入Acrobat 3D,在pdf文档中演示分子的立体结构。

w3DNA:http://w3dna.rutgers.edu
简介:输入核酸PDB ID或上传结构文件,分析其碱基结构参数。

WebMO:http://www.webmo.net/demo/index.html
简介:提供了友好的GUI界面,可以在线绘制或导入结构并调用服务器上的Gaussian、Gamess、Mopac、Molpro、NWChem、 QChem、Tinker程序进行量化/分子力学计算。对于免费用户WebMO提供了guest帐户登入,但运算时间限制在60秒以内,在缺乏计算条件下 可以应急使用。

估算REMD模拟适宜的温度设定:http://folding.bmc.uu.se/remd

在线蛋白质分析工具列表:http://www.bioinf.org.uk/servers

PBT Profiler:http://www.pbtprofiler.net
简介:输入化合物代码或在线绘制结构,快速预测此化合物对环境污染的情况,包括在各种环境下的半衰期和分布状况、生物累积性、毒性等。

√ WHAT IF:http://swift.cmbi.ru.nl/servers/html/index.html
简介:提供了十分丰富的蛋白质模拟相关工具。包括同源模建、检查和修复蛋白结构、残基突变、蛋白结构分析、可及表面计算、分析氢键、补全质子、原子间不正当接触检测、计算盐桥、生成FlexDock输入文件等等。
posted on 2011-04-28 20:44 周锐 阅读(2050) 评论(0)  编辑  收藏 所属分类: Chemistry

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