原文地址：http://www.chemj.cn/viewthread.php?action=printable&tid=20684


MolEdit：http://159.149.163.21/moledit.htm
简介：在线绘制2D结构，自动转化为三维坐标文件，支持格式很多。

√ E-Babel：http://www.vcclab.org/lab/babel
简介：相当于在线版的Babel，可以支持几十种结构文件格式的转换。注意不要打开浏览器弹出窗口过滤功能。

√ Opal Dashboard：http://ws.nbcr.net/opal2/GetServicesList.do
简介：一大批软件的在线计算工具，包括MEME（搜索一组DNA/蛋白序列中的基序），APBS（解PB方程得到静电势分布、溶解自由 能），PDB2PQR（往pdb格式中添加原子半径信息，转为apbs等软件所需的pqr文件），Prepare receptor/GPF（创建pdbqt、GPF文件），Autogrid（计算autodock所需的格点文件），Autodock（分子对 接），FIMO，GLAM2，GLAM，GOMO。

在线版PDB2PQR：http://nbcr.sdsc.edu/pdb2pqr

Prodrg 2.5：http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/cgi-bin/prodrg_beta
简介：输入结构或者在线绘制结构，生成gromacs等软件的拓扑文件，以及加过氢的pdb、gro、mol结构文件。支持gromos87/96力场，支持结构优化。

Karlsberg+：http://agknapp.chemie.fu-berlin.de/karlsberg/index.php
简介：基于线性PB方程在线计算蛋白质Pka

PROPKA：http://propka.ki.ku.dk
简介：输入PDB ID或者上传pdb文件，计算PKa。输出结果包括每个残基的Pka，不同PH下的蛋白去折叠化能、最稳定时的PH值，折叠与去折叠时在不同PH下所带电 荷、等电点PH、缓冲能力。虽然独立状态的氨基酸的PKa是已知的，但在蛋白中由于受到周围其它氨基酸的影响PKa会发生改变，故此程序有助于正确判断在 不同PH环境下模拟蛋白质时氨基酸所应处的质子化态。

H++：http://biophysics.cs.vt.edu/H++
简介：通过隐式溶剂(GB/PB)和分子力学模型计算Pk，并根据指定PH自动将结构质子化

ProBuilder：http://159.149.163.21/probuilder.htm
简介：输入蛋白质序列和预期的二级结构生成蛋白结构文件

PDBsum：http://www.ebi.ac.uk/pdbsum
简介：输入PDB ID或者序列，显示蛋白质信息、基本结构特征、结构出处的文献摘要，可调用PROCHECK分析结构，可在线观看3D结构。

√ PLATINUM：http://model.nmr.ru/platinum
简介：此程序基于分子疏水势的概念。上传受体/配体结构文件后计算，会显示分子总面积、极性面积、非极性面积的大小。得到的疏水势格点文件可保存也可以在 线自动调用Jmol观看，以不同颜色描述分子的疏水/亲水性质，可以直观了解受、配体不同方式的的结合能力。对于脂体系可以显示2D疏水图。

√√ MarvinSketch：http://www.chemaxon.com/marvin/sketch/index.jsp
简介：一款功能强大的绘制分子结构、反应式并计算相关性质的软件的在线版，需要java运行环境，载入较慢。可自行绘制也可以直接通过名字生成结构 (edit-import name)，可以直接从模版库/基团库中插入结构(insert-template library/group)，可以保存结构文件到本地。可以显示周期表(view-periodic table)，获得smile字符串(选中分子，edit-save as smile，然后随便找个文本框paste)，显示3D结构(view-Open MarvinView3D/Space)，给出结构的名字(tools-Naming)，得到分子式、分子量、元素组成(tools-Elemental analysis)，绘制滴定曲线、计算PKa、等电点、获得指定PH环境下的被质子化/去质子化后的结构(tools-Protonation)，计算 LogP、LogD(tools-partitioning)，计算原子电荷、极化率、轨道电负性(tools-charge)，获得互变异构体、立体异 构体(tools-isomers)，计算各个异构体的能量、做简单分子动力学(tools-conformation)，结构拓扑分析、优化并计算能 量、计算SASA(tools-geometry)，显示氢键供体/受体原子数目、Huckel分析、计算折射率、显示共振结构、获得结构框架 (tools-other)。在程序下方文本框中可以使用Chemical term语言编写表达式来通过性质筛选分子、计算属性。亦可免费下载此软件的单机版。

MarvinSpace：http://www.chemaxon.com/marvinspace/applet.html
简介：在线的基于java的分子可视化程序，使用Opengl库，支持pdb、mol和cub格点文件。可用NewCartoon等方式显示蛋白质骨架结构，可以用几种方式显示分子表面，并在上面用颜色显示包括静电势在内的几种信息。缺点是程序载入很慢。

REDS(RESP ESP charge Derive Server)：http://q4md-forcefieldtools.org/REDS
简介：在线计算RESP电荷，注册十分麻烦。

计算RRKM反应速率：http://phd.marginean.net/rrkm.html

DynDom：http://fizz.cmp.uea.ac.uk/dyndom/runDescription.jsp
简介：输如蛋白质分子的两个构象，可分析出构象变化所绕着的旋转轴，以及导致结构变化的关键残基。结果可以用rasmol程序显示。

StrucTools：http://helixweb.nih.gov/structbio/basic.html
简介：可以绘制蛋白质二级序列图，计算主链氢键，绘制B因子-残基图，计算残基所占体积并绘图，计算残基SASA，做Ramachandran图，做蛋白质旋转的gif/mpeg动画。

TarFisDock(Target Fishing Dock)：http://www.dddc.ac.cn/tarfisdock
简介：反向对接程序，提供小分子结构，寻找受体蛋白。国内可能需要国外代理才能访问，速度比较慢。

VRML File Creator：http://cactus.nci.nih.gov/vrmlcreator
简介：通过smile字符串或者结构文件，创建VRML(.wrl)文件。比如可以导入Acrobat 3D，在pdf文档中演示分子的立体结构。

w3DNA：http://w3dna.rutgers.edu
简介：输入核酸PDB ID或上传结构文件，分析其碱基结构参数。

WebMO：http://www.webmo.net/demo/index.html
简介：提供了友好的GUI界面，可以在线绘制或导入结构并调用服务器上的Gaussian、Gamess、Mopac、Molpro、NWChem、 QChem、Tinker程序进行量化/分子力学计算。对于免费用户WebMO提供了guest帐户登入，但运算时间限制在60秒以内，在缺乏计算条件下 可以应急使用。

估算REMD模拟适宜的温度设定：http://folding.bmc.uu.se/remd

在线蛋白质分析工具列表：http://www.bioinf.org.uk/servers

PBT Profiler：http://www.pbtprofiler.net
简介：输入化合物代码或在线绘制结构，快速预测此化合物对环境污染的情况，包括在各种环境下的半衰期和分布状况、生物累积性、毒性等。

√ WHAT IF：http://swift.cmbi.ru.nl/servers/html/index.html
简介：提供了十分丰富的蛋白质模拟相关工具。包括同源模建、检查和修复蛋白结构、残基突变、蛋白结构分析、可及表面计算、分析氢键、补全质子、原子间不正当接触检测、计算盐桥、生成FlexDock输入文件等等。