• Smiles parser
• Smarts substructure searching
• SD file parser with SD field manipulations
• Depiction for SD files with coordinates
• Molecule Fingerprint generation
• Several forms of Ring Detection available
• Simple aromaticity perception
• Everything's a graph (i.e. can form canonical strings from incomplete pieces of a molecule)
  
• Full source code
• Really bad depiction of arbitray molecules! (requires AT&T's GraphViz)

　　Β           β           beta                  beta                        贝塔

　　Γ           γ           gamma              gamma                    伽马

　　Δ           δ           deta                  delta                       德耳塔

　　Ε           ε           epsilon              epsilon                    艾普西隆

　　Ζ           ζ            zeta                  zeta                        截塔

　　Η           η           eta                    eta                          艾塔

　　Θ           θ          theta                  θita                         西塔

　　Ι             ι           iota                   iota                         约塔

　　Κ           κ          kappa               kappa                    卡帕

　　∧          λ          lambda             lambda                    兰姆达

　　Μ          μ          mu                    miu                         缪

　　Ν           ν          nu                     niu                          纽

　　Ξ           ξ           xi                     ksi                          可塞

　　Ο           ο          omicron           omikron                  奥密可戎

　　∏           π          pi                     pai                          派

　　Ρ            ρ          rho                   rou                         柔

　　∑           σ          sigma               sigma                      西格马

　　Τ            τ           tau                  tau                          套

　　Υ            υ          upsilon            jupsilon                   衣普西隆

　　Φ           φ           phi                  fai                           斐

　　Χ            χ           chi                  khai                        喜

　　Ψ           ψ           psi                  psai                        普西

　　Ω           ω          omega             omiga                      欧米伽

（1）数量符号：如：i，2+i，a，x，自然对数底e，圆周率π。
（2）运算符号：如加号（＋），减号（－），乘号（×或·），除号（÷或／），两个集合的并集（∪），交集（∩），根号（√），对数（log，lg，ln），比（：），微分（dx），积分（∫）等。
（3）关系符号：如“＝”是等号，“≈”是近似符号，“≠”是不等号，“＞”是大于符号，“＜”是小于符号，“→ ”表示变量变化的趋势，“∽”是相似符号，“≌”是全等号，“∥”是平行符号，“⊥”是垂直符号，“∝”是反比例符号，“∈”是属于符号，“C”或“C下面加一横”是“包含”符号等。
（4）结合符号：如圆括号“（）”方括号“［］”，花括号“｛｝”括线“—”
（5）性质符号：如正号“＋”，负号“－”，绝对值符号“‖”
（6）省略符号：如三角形（△），正弦（sin），余弦（cos），x的函数（f(x)），极限（lim），因为（∵），所以（∴），总和（∑），连乘（∏），从n个元素中每次取出r个元素所有不同的组合数（C(r)(n) ），幂（A，Ac，Aq，x^n），阶乘（！）等。
数学符号的意义
符号　意义
∞　无穷大
π　 圆周率
|x|　绝对值
∪　并集
∩　交集
≥　大于等于
≤　小于等于
≡　恒等于或同余
ln(x)　以e为底的对数
lg(x)　以10为底的对数
floor(x)　上取整函数
ceil(x)　下取整函数
x mod y　求余数
x - floor(x) 小数部分
∫f(x)dx　不定积分
∫[a:b]f(x)dx　a到b的定积分
数学符号的应用
P为真等于1否则等于0
∑[1≤k≤n]f(k) 对n进行求和,可以拓广至很多情况
如：∑[n is prime][n < 10]f(n)
∑∑[1≤i≤j≤n]n^2
lim f(x) (x->?) 求极限
f(z) f关于z的m阶导函数
C(n:m) 组合数,n中取m
P(n:m) 排列数
m|n m整除n
m⊥n m与n互质
a ∈ A a属于集合A
#A 集合A中的元素个数

package com.founder.opsin;

import nu.xom.Element;
import uk.ac.cam.ch.wwmm.opsin.NameToInchi;
import uk.ac.cam.ch.wwmm.opsin.NameToStructure;
import uk.ac.cam.ch.wwmm.opsin.NameToStructureConfig;
import uk.ac.cam.ch.wwmm.opsin.NameToStructureException;
import uk.ac.cam.ch.wwmm.opsin.OpsinResult;

public class OpsinTest {

 /**
  * @param args
  * @author Zhou Rui
  * @throws NameToStructureException
  */
 public static void main(String[] args) throws NameToStructureException {
  NameToStructure n2s = NameToStructure.getInstance();
  
  NameToStructureConfig n2sconfig = new NameToStructureConfig();
  
  OpsinResult result = n2s.parseChemicalName("acetonitrile", n2sconfig);
  
  System.out.println(result.getStatus());
  
  String smiles = result.getSmiles();
  String inchi = NameToInchi.convertResultToInChI(result);
  System.out.println(smiles);
  System.out.println(inchi);
 }

}

输出结果如下：
SUCCESS
C(C)#N
InChI=1/C2H3N/c1-2-3/h1H3