hibernate.cfg.xml中對DTD文件的引用必須改變，在Hibernate 2中是這樣：

...
<!DOCTYPE hibernate-configuration
    PUBLIC "-//Hibernate/Hibernate Configuration DTD//EN"
    "http://hibernate.sourceforge.net/hibernate-configuration-2.0.dtd">
...

在Hibernate 3中必須這樣：

...
<!DOCTYPE hibernate-configuration PUBLIC
    "-//Hibernate/Hibernate Configuration DTD 3.0//EN"
    "http://hibernate.sourceforge.net/hibernate-configuration-3.0.dtd">
...

映射文件在Hibernate 2時是這樣：

...
<!DOCTYPE hibernate-mapping
    PUBLIC "-//Hibernate/Hibernate Mapping DTD//EN"
    "http://hibernate.sourceforge.net/hibernate-mapping-2.0.dtd">
...

在Hibernate 3中是這樣：

...
<!DOCTYPE hibernate-mapping
    PUBLIC "-//Hibernate/Hibernate Mapping DTD 3.0//EN"
    "http://hibernate.sourceforge.net/hibernate-mapping-3.0.dtd">
...

Hibernate 2中API的頂層package名稱是net.sf.hibernate，在Hibernate 3中是org.hibernate，例如Hibernate 2中的net.sf.hibernate.SessionFactory在Hibernate 3中改為org.hibernate.SessionFactory。

Session中的find()方法被取消了，必須使用Session的createQuery()建立Query實例，並使用list()方法來取代。Session的iterate()被取消了，由Query介面上的iterator()來取代，詳請看 Query.list()、iterator()。

新增 update 語句

Query query = session.createQuery("update User set age=30 where id=1");
query.executeUpdate();

新增 delete 語句

Query query = session.createQuery("delete User where age<20");
query.executeUpdate();

Hibernate 3的映射文件中新增了<sql-insert>、<sql-update>與<sql-delete>三個標籤，您可以在這三個標籤中使用SQL自定義您的INSERT、UPDATE、DELETE，也就是儲存、更新、刪除資料時的行為，詳請看 自定義 insert、update、delete。

• Expression類別雖仍可使用，但新增Restrictions類別作為Expression類別的替代。
• 新增 DetchedCriteria。
• 新增 動態模型（Dynamic Model）。
• HibernateException 變為Checked exception。
• Interceptor 新增了幾個方法。
• Lazy Initialization預設為 true，不想使用的話，必須在映射文件中設定lazy屬性為false。
• 可透過org.hibernate.tool.instrument.InstrumentTask對.class檔進行buildtime bytecode instrumentation，實現屬性的Lazy Initialization。

 原文出自：http://www.caterpillar.onlyfun.net/Gossip/HibernateGossip/Hibernate2ToHibernate3.html